بحثي که اختلاف نظر در مورد آن مطرح است آن که در صورت تجويز وريدي آنتي‌بيوتيکي، ديگر نياز به ادامه مصرف شکل استنشاقي آن نخواهد بود.
ديگر سوال مطرح اين است که بايد عفونت‌هاي سودموناس در اين بيماران را با يک آنتي‌بيوتيک درمان کرد يا با چند آنتي‌بيوتيک؟ جواب آن که يافته‌ها به نفع توصيه‌اي خاص در اين بيماران در دست نيست. ديگر سوالات مطرح در اين زمينه عبارتند از :دوز مناسب آمينوگليکوزيد و اينفيوژن مستمرآنتي‌بيوتيک‌هاي بتالاکتام. در مورد آمينوگليکوزيدها، دوز يکبار در روز نسبت به دوز سنتي ارجح است، زيرا فارماکوکينتيک مطلوب‌تري دارد. دوز يکبار در روز باعث مواجهه کمتر با نفروتوکسين‌ها شده و اثر پست آنتي‌بيوتيک مشاهده شده با آمينوگليکوزيدها را بکار مي‌گيرد.
البته هيچ مطالعه‌اي در مورد نحوه مانيتورينگ مطلوب آمينوگليکوزيدها، به‌ويژه در گروه کودکان، وجود ندارد.
درک ويژگي‌هاي فارماکوکينتيک آمينوگليکوزيدها و تعميم آن به سيستم‌هاي جديد انتقال دارويي، اطلاعاتي هستند که داروسازان مي‌توانند با کسب آن با به حداکثر رساندن اثربخشي دارويي، احتمال مسموميت‌ها را کاهش دهند.
به‌دليل
فارماکوکينتيک تغيير يافته در فيبروز کيستيک، روش استفاده، دوز و توالي
مصرف آنتي‌بيوتيک‌ها بايد براي هر بيمار به‌طور ويژه تجويز شود.
تجويز تنفسي آنتي‌بيوتيک‌ها براي بسياري از بيماري‌ها روشي ايده‌آل است؛ زيرا احتمال مسموميت‌هاي سيستميک ممکن است با اين روش به حداقل برسد. اينفيوژن مستمر آنتي‌بيوتيک‌هاي بتالاکتام در بسياري از مراکز براي کنترل فيبروز کيستيک تشديد شده متداول شده است. هر چند که اخيرا شواهد ناکافي براي توصيه به مصرف مرتب آن وجود دارد. شواهد موجود براي تعيين دوره‌هاي درمان آنتي‌بيوتيکي خاص ناکافي هستند؛ اما مقالات متعدد تاکيد کرده‌اند که 14 تا 21 روز براساس پاسخ‌دهي بيمار بهترين دوره پيشنهادي است.
