این روند افزایشی موجب اعتراض برخی از کارشناسان کشورهای مختلف اتحادیه اروپا شد و به‌موجب این اعتراضات کشت این محصولات بار دیگر روند کاهشی پیدا کرد؛ در سال 2004 برخی از کارشناسان روسی اعلام کردند، محصولات تراریخته‌ای که در بلژیک کشت می‌شوند، ممکن است به‌عنوان یک سلاح بیولوژیک به کار گرفته شده باشند.
پس از اعتراضات پیاپی کارشناسان و کشاورزان بلژیکی پس از سال 2004، به‌مدت دو سال میزان کشت این محصولات به صفر رسید و برای دو سال هیچ محصول تراریخته‌ای در این کشور کشت نشد اما پس از این دو سال یعنی در سال 2007 بار دیگر، کشت این محصولات در بلژیک آغاز شد، البته لازم به ذکر است که این بار قوانین بسیار سخت‌گیرانه و محدودکننده‌ای برای این محصولات در نظر گرفته شد.
این روند از سال 2008 تا سال 2014 ادامه پیدا کرد؛ در واقع در کشور بلژیک قانون مشخصی برای ممنوعیت این محصولات وجود نداشت اما مناطق کشت این محصولات بسیار محدود بود و قوانین محدود و سخت‌گیرانه‌ای برای آنها اعمال شده بود؛ با ابلاغ قانون جدیدی از سوی اتحادیه اروپا مبنی بر مختار بودن کشورهای عضو این اتحادیه بر ممنوعیت یا آزاد ساختن محصولات تراریخته، مردم کشور بلژیک که معتقد بودند باید این محصولات را به‌طور کامل در کشور ممنوع کرد به خیابانها آمدند و شعارهایی علیه محصولات تراریخته دادند.
مسئولان کشور بلژیک به‌تازگی کشت این محصولات را در منطقه جنوبی کشور خود یعنی والونیا (Wallonia) ممنوع کرده‌اند؛ والونیا ناحیه جنوبی کشور بلژیک است که اکثر مردم آن به‌زبان فرانسه سخن می‌گویند؛ مساحت این منطقه 55 درصد کل بلژیک و دارای 33 درصد جمعیت این کشور است.
با وجود اینکه در حال حاضر هنوز قانون مشخصی برای ممنوعیت کشت محصولات دستکاری شده ژنتیکی در بلژیک به‌جز منطقه والونیا وجود ندارد کشت این محصولات بسیار محدود است و قوانین سخت‌گیرانه‌ای بر آنها اعمال می‌شود.
